Inicialmente as atividades de pesquisa e pós-graduação do Instituto de Física foram financiadas pelo BNDE que, em 1974, passou essa responsabilidade para a FINEP. Posteriormente, financiamentos do CNPq, da CAPES e da FAPERJ complementaram esses recursos. Em 1996, quatro grupos do Instituto foram selecionados para receber apoio do PRONEX/MEC/FINEP. A partir de 1999 vários grupos passaram a receber apoio do programa Cientistas de Nosso Estado, da FAPERJ, e em  2001 o IF/UFRJ se tornou a sede do Instituto do Milênio MCT/Banco Mundial de Informação Quântica. Desde então, o Instituto tem recebido apoio  das agências FAPERJ, FUJB, CAPES, CNPq e PADCT, através de diversos editais coordenados por docentes do quadro da pós-graduação.  Atualmente temos uma dezena de docentes Cientistas do Nosso Estado da FAPERJ e vários projetos Pensa-Rio (FAPERJ) e PRONEX coordenados por docentes do IF-UFRJ. Vários docentes participam, ainda, de Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCT-MCTI-CNPq). Este conjunto de projetos tem garantido a continuidade do custeio das atividades de pesquisa realizadas no âmbito do IF-UFRJ e permitiu, no passado recente, uma expansão significativa da nossa infra-estrutura de laboratórios de pesquisa e de capacidade computacional.

Nossa pós-graduação participa há vários anos do programa PROEX-CAPES, de fomento aos programas de PG com conceitos 6 ou 7. O histórico das avaliações CAPES pode ser visto abaixo: